土地增值税清算时(或前期清算时)未扣除的成本费用清算后达到扣除条件的如何处理?

对于在清算中因票据、支付及分摊等原因不予扣除的金额，在清算后如果符合政策规定达到可以扣除的条件时如何处理，目前没有直接明确的统一规定。各地的具体处理方式举例如下:
    第一，对于因种种原因在清算时不得扣除(分摊)的成本，清算后符合政策规定给予扣除后如果产生多缴税款且在三年内发现的，可以申请退税。例如，《安徽省土地增值税清算管理办法》(国家税务总局安徽省税务局公告2018年第21号修改)第五十二条、《广西壮族自治区房地产开发项目土地增值税管理办法(试行)》(广西壮族自治区地方税务局公告2018年第1号发布)第五十六条均规定，因下列原因，纳税人自结算缴纳土地增值税清算税款(或自收到清算审核结果)之日起三年内发现多缴税款的，可以向主管税务机关要求退还多缴的税款，主管税务机关应当自接到纳税人书面退还申请之日起30日内核查，对查实的事项应予以追溯调整，涉及从国库中退库的，依照法律、行政法规有关国库管理的规定退还。

(1)清算时应取得但未取得合法有效凭证，清算后取得的;

(2)清算时应实际支付但未实际支付的款项，清算后实际支付的;
    (3)清算时应分摊但实际未能分摊的共同的成本费用，清算后能够按照受益对象、采用合理的分配方法分摊的;
    (4)其他合法合理原因。
    第二，对于清算时因无法取得合法有效凭证不得扣除(分摊)的成本，清算后取得合法有效凭证等可以扣除的，如果有后续房产转让，可在计算当期清算后转让房产应纳税额时后续扣除。例如,《重庆市地方税务局关于土地增值税若干政策执行问题的公告》(重庆市地方税务局公告2014年第9号)第一条第(五)项第2点规定:“清算时因未取得合法有效凭证，而未能认定的成本项目(简称未定成本项目)，清算后取得合法有效凭证的，应分房产类型归集'后续成本额’，可在计算当期清算后转让房产应纳税额时后续扣除，

    第三，对于分期清算后期支出大于前期的公共配套设施费用，允许在整体项目全部清算时重新进行调整分摊。例如,《湖北省房地产开发企业土地增值税清算管理办法》(鄂地税发〔2008207号文件印发)第十七条第(五)项规定:“对于成片开发分期清算项目的公共配套设施费用，在先期清算时，应按实际发生的费用进行分摊;对后期清算时实际支付的公共配套设施费用分摊比例大于前期的金额时，允许在整体项目全部清算时，按整体项目重新进行调整分摊”。
    第四，对清算完成后继续支付并取得合法、有效凭证的，可以进行二次清算。例如,《土地增值税征管工作指引(试行)》(鄂税财行便函〔2021〕9号文件印发)第三十九条规定，“纳税人符合清算条件并进行土地增值税清算后，继续支付并取得合法、有效凭证的支出，可申请二次清算，但必须是所有成本、费用已全部发生完毕。主管税务机关可根据实际情况重新调整扣除项目金额并调整应纳土地增值税税额。二次清算后，纳税人不得再要求进行土地增值税清算”。